La contraseña que le metes al Bitcoin Core se usa para cifrar las claves privadas que se guardan en el wallet.dat. El archivo en sí no está cifrado, si lo subes a internet todo el mundo sabrá que es un monedero de bitcoin, pero como las claves privadas sí están cifradas, no podrán tener acceso a las coins.

Es como si le haces una foto a una factura de la luz y le tapas tus datos personales. Si la subes a internet todo el mundo sabe que se trata de una factura de la luz, probablemente tuya, pero los datos públicos no le sirven a nadie para nada.

En cambio, si cifras el wallet.dat, el archivo propiamente dicho, por un lado no lo podrás usar con Bitcoin Core pero por otro, puedes ponerlo en Dropbox (por decir algo) y nadie sabrá si eso es un monedero de bitcoin o una foto comprometedora .