Secondo me se vi serve un disco / partizione criptata solo per Windows conviene usare DiskCryptor, che usa un formato diverso da TrueCrypt e ottimizzato per intere partizioni (TrueCrypt era ottimizzato per file).

Su linux ovviamente è meglio usare dm-crypt/LUKS (usabile sia per partizioni che per "file").

Se proprio vi serve usare TrueCrypt (sempre su linux), vi consiglio tc-play https://wiki.archlinux.org/index.php/Tcplay