Lidiar con miles de direcciones no supone ningún problema, eso lo gestiona el software automáticamente, es como las páginas que ofrecen un captcha diferente a cada usuario. Además, no es necesario unificar en dinero en una única dirección; la tienda, cuando vaya a realizar un pago, dará la orden y el monedero de bitcoin tomará saldo de tantas direcciones diferentes como sea posible hasta alcanzar el montante necesario para realizar la transacción, no importa en qué direcciones esté éste, igual que no importa de donde ha llegado el dinero a tu cuenta bancaria cuando pagas con la tarjeta.