1) una transazione a "zero fee" non dovrebbe neanche essere inserita tra le "transazioni non confermate" o sbaglio? -->
In realtà dalla versione 0.9 la fee minima è di 1000 satoshi (al di sotto la tx non viene registrata in mempool, quindi rischia di non essere propagata correttamente nel network)
una transazione a zero fee è legittima e viene propagata e se rispetta le regole:
- size minore di 1kb
- amount superiore a 0,01 btc
- ha abbastanza priorità (quasi sempre ce l'ha)
quindi se rispetta questi punti viene visualizzata come transazione in arrivo non confermata da tutti i wallet, almeno io ho provato con greenaddress, electrum e mycelium e tutti visualizzavano la transazione in arrivo come se fosse una normalissima transazione in arrivo (in effetti lo è).
2) hai usato il core patchato, quindi hai applicato la patch al sorgente di bitcoin-core e poi lo hai compilato? È un'operazione lunga/complicata sotto Linux ?
io ci ho messo un bel po' perchè sono imbranato, ma se sai compilarti core correttamente non è tanto difficile.
Non si potrebbe fare una doppia spesa semplicemente creando due raw transaction come ha suggerito FaSan? Forse mi sfugge il senso di questa patch 
le transazioni le puoi creare e firmare con core originale sì ma poi come le immetti nel network? se provi a fare il push della seconda tx con gli stessi input della prima core non patchato te lo impedisce