Обновить только папкой UI, если я правильно помню, не выйдет. Основная папка - lib...
Из-за этого
пропадает меню SuperNET?
Скорей всего надо делать наоборот... обновить Nxt клиент до последней версии, а уже сверху накатывать superNET... вроде у них была сборка, которая позволяет сверху поставить... но могу ошибаться, давно не ставил.