He preguntado en hacienda y parece que se puede facturar en especies indicando el valor de dicha especie en cada factura. El equivalente en euros sería lo que se ingresa. Después uno puede quedarselo en BTC o cambiarlo o lo que sea.
Supongo que mi otra opción y creo que casi mejor sería vender los BTC a quien pudiera por internet de modo legal.
Creo que lo estas enfocando mal ( cara A.E.A.T.), lo que deberias plantearles principalmente es que esos "servicios o bienes digitales" los vas a vender a un tercer pais ( usease, no comunitario ni con acuerdo preferencial).
Por el tipo de cobro no te preocupes, es totalmente secundario, como si dices que cobras en gallinas y te ingresan euros. En su momento, solo necesitaras presentar tu factura en en Euros sin IVA independientemente de como, cuando y donde lo cobres.