В любом случае, реализация твоего собственного протокола - это дело хозяйское. Хочешь писать патчи - добро. Но тут уже встаёт вопрос раскрутки. Как ты будешь раскручивать свой протокол? Ведь мало кто (даже из тех кто майнит на твоём пуле) будут использовать твой пропатченный cgminer, только лишь потому, что в нём есть ещё один стратум. Конечно если тебя особо не напрягает та нагрузка, приходящая по http-rpc протоколу, то конечно проблем нет - твой протокол будет некой плюшкой для пользователей твоего пула и не более.