La explicación que te ha dado Nubarius es la correcta, lo que te ha ocurrido, aunque lo ha hecho con un nivel técnico elevado. Si miras en blockchain el pago que has hecho a tu dirección pública de la cartera que te creaste, verás que tendrá una o varias direcciones de entrada que las has de conocer pues las has utilizado para recibir pagos en el cliente QT, y dos direcciones de salida: la de blockchain y otra desconocida para tí ―como te ha indicado Nubarius― pero que pertenece a tu wallet.dat aunque no la puedas ver. Si miras en dicha página el contenido de esta nueva dirección comprobarás que allí están los bitcoins que "te faltan". El cliente QT te muestra como saldo la suma del contenido monetario de todas las direcciones que contiene el archivo wallet.dat y que por defecto son 100 direcciones que van creciendo a medida que generas nuevas direcciones de pago.

Parece ser que uno de los motivos por los que se diseñó así el pago fue para mejorar el anonimato de los pagos al no poder discernir cual es la auténtica transacción y cual "el cambio" sobrante del pago.