Это специфика сатоши-дайс, в кошельке игрока накапливается мелкая пыль из проигрышных транзакций, чтобы сшить из нее 0.01 бтц получаются многокилобайтные транзакции, за которые потом насчитывается комиссия в том числе превышающая ставку. Bitcoin-qt здесь совершенно не при чем. Выход в общем-то один - как подкопится пыли перекинуть разок весь баланс на другой кошелек заплатив рекомендованную комиссию либо без оной (и долго ждать подтверждений).