Когда игрался с форками, точнее litecoin (там комиссия сильно завышенная), я просто пересобрал клиент из исходников, уменьшив базовый размер комиссии в 100 раз. Комиссия начисляется, пулы довольны, я доволен...

Бездушный клиент собирает монеты по порядку, старые в приоритете. Хуже, что штатный RPC API не предоставляет ничего для оценки комиссии, в интерфейсе bitcoin-qt хоть предупреждение выскакивает.