Theoretisch geht es wohl auch ohne SegWit, es ist aber viel komplizierter zu implementieren, wegen der Transaction Malleability (gilt genauso fürs Lightning Network).

Mit SegWit soll es aber sehr einfach sein, dadurch wird ja die Malleability beseitigt. Der Atomic-Trading-Algorithmus selbst ist ja nicht allzu kompliziert, da er normale Mechanismen des Bitcoin-Scripts nutzt.

Das Problem ist eher, dass Segwit derzeit stagniert und die Einführung bei Bitcoin zumindest kurzfristig eher unwahrscheinlich erscheint. Vielleicht wird daher eine andere Lösung (z.B. Blocknet, Federated Blockchains) schneller für die meisten Coins verfügbar.