Множеством мелких транзакций. Если стоимость одного биткоина возрастёт, значит возрастёт количество мелких транзакций.
А какая разница, какое число стоит в транзакции?
Например 1 btc = $1, средняя транзакция 100 btc, потом биткойн подорожал в 100 раз, средняя транзакция стала 0.01 btc. Но в реальном (например, долларовом) выражении сумма не поменялась.
Главное, чтобы они обрабатывались.
Никому не нужны будут транзакции, идущие неделями.
Кстати, брать вознаграждение пропорционально физическому размеру транзакции (доли биткоина за килобайт) -- вполне справедливо и может оказаться достаточной защитой от спама. Сейчас эта плата иногда взимается.
Это было бы самым логичным - транзакция, при которой был перевод со ста адресов на сто, должна быть дороже, чем перевод с одного адреса на другой.
В любом случае, все эти вещи должен решать конкретный майнер. Кто-то захочет брать процент от суммы, кто-то поставит фиксированную ставку, кто-то в зависимости от размера, ну а кто-то может вообще бесплатно майнить будет, из любви к искусству.

Мое ИМХО - такие вещи должны решаться непосредственно участниками сети, а не устанавливаться системой.
А полное вознаграждение за найденый блок должно быть не меньше 50 биткоинов. В этом случае не нужно будет искусственно ограничивать количество биткоинов.
Здесь я не знаю, что будет лучше - постоянная инфляция или фиксированный потолок.
В первом случае отсутствует смысл что-то хранить в биткойнах.