Ко всему остальному владельцы пулов и так имеют свой процент с майнеров, а вы им ещё не хило так хотите отсыпать.
Я вообще-то, наоборот, предлагаю, чтобы владельцы пулов платили комиссию (или сжигали) за свои транзакции. Да, если пул распределяет вознаграждение посредством coinbase транзакции, то майнеры потеряют эту комиссию. Ну, а что вы предлагаете, разрешить им бесплатно засорять блокчейн?
В чем проблема майнерам уменьшить себе вознаграждение на величину требуемой комиссии?
Да не в чём, собственно.

Разве что эта цифра 21000000 со временем уменьшится до 0.
Во-первых, для этого всем пулам придется добавлять в блоки собственных транзакций на 60MB

Ну и меньше 16млн уже не станет... во всяком случае, не по этой причине.
Если уж совсем не нравится идея сжигания коинов, то можно их возвращать нашедшему следующий блок.