То есть количество подтверждений это на самом деле количество блоков которое было найдено после совершения транзакции?
Именно.
Я то думал что все ноды проверяют каждую транзакцию заносимую в блок.
Ты правильно думал. Каждый узел проверяет каждый полученный блок полностю (все транзакции) и если хоть что-то в блоке не соответствует текущему консенсусу - то узел выкидывает этот блок нафиг.