Poderiam pensar numa solução ao estilo smartphone para login seria uma boa para aproveitar o leitor biométrico, ou se tiver um leitor pro cartão, que  implemente também conexão nfc para usar o smartphone não sendo necessário o cartão em si também. Sei que isso pode aumentar os custos, mas se eles tiverem um bom relacionamento para fornecimento com um bom preço seria uma boa, afinal o interesse deles é arrecadar clientes e prover segurança, pelo menos eu acho.