ну как бэ вместе ты не запустишь 2 команды сразу) так что по отдельности сначала одну потом вторую команду
А что помешает? Попробуй:
bitcoin-qt.exe -zapwallettxes -rescanНо, наверное, лучше отдельно.
Согласно справочной системы команда
-zapwallettxes
уже включает в себя -rescan и не требует его ручного запуска.