Это потому что вводить надо не секретный ключ (его вообще по-хорошему поменьше "светить" нужно), а временные коды авторизации, создаваемые генератором:

http://s52.radikal.ru/i138/1304/68/e4b416d8a236.png

Список поддерживающих RFC 2289 приложений доступен здесь:

https://bitcointalk.org/index.php?topic=92522.msg1936772#msg1936772

Лично я в зависимости от обстановки пользуюсь Google Authenticator и JAuth Gui (последний изображен на скриншоте).

P.S. Сегодня буду писать справку.