Olhando o preço das duas, utilizando por base a mesma loja (Kabum), 3x GTX 1060 saem por R$4139,70 e 2x GTX 1070 saem por R$3759,80, e fazendo os calculos com a NiceHash, uma 1060 faz aproximadamente U$1227,84 por ano (3x = U$3683,52/ano) e uma 1070 faz aproximadamente U$1830,96 por ano (2x = 3661,92/ano).

Pegando o preço delas e a pouca diferença que o conjunto vai fazer por ano, creio que a GTX 1070 compense mais, isso sem contar com o fato de um riser a menos, como o @sabotag3x falou, e a pouca de diferença de ROI das duas, 74 dias para a GTX 1060 e 80 dias para a GTX 1070.


-------EDIT--------

Minha comparação não foi muito justa ao pegar duas fabricantes diferentes, mas agora tomando por base a Galax, 3x GTX 1060 = R$ 2789,70 e 2x GTX 1070 = R$ 3239,80. Então tudo vai depender do preço que você encontrar as placas, fato é que por ano os dois conjuntos podem te render praticamente a mesma coisa.