El código QR tiene suficiente redundancia como para que puedas tapar una cierta cantidad de pixels, y que se puede seguir leyendo. Prueba con un editor de imágenes y verás.

El problema es que a medida que tapas parte del código hasta llegar al límite de lo legible, te quedas sin margen de error. Pero lo peor que puede pasar es que no se lea, no que se lea mal.