От языка сильно зависит... В Python 3.6 появился весьма быстрый алгоритм BLAKE2
В принципе любое быстрое хеширование пойдет, если применять не ко всей базе, а к другому способу хеширования, когда начальное состояние только хешируется, а дальше только хеши операций и общий хеш.