От ботнетов внесение изменений в алгоритм не даст никакого эффекта - перенастраивается все очень быстро. Так, отвалятся на время зомби-компы, "оператор" быстренько внесет изменения и поехали по-новой.
А может есть какой-то вариант с закрытым майнером? тее майнер работает не сам по себе, а после получения некоего ключа каждые 10мин. например или еще какой-то вариант, где ботнетам было бы не просто запускать процесс на зараженных компах.