Разобрался практически во всем. Удалось запустить 3-ри карты через х1 рэйзеры . Думаю 4 заработали б с использованием рэйзеров х16 (т-к они точно работали если были установлены напрямую). За возможность работы пяти карт есть большие сомнения. Также карты на рэйзерах работают только через HOTPLUG перемычки. Комбинация портов на работу не влияет, единственное что второй х1 не поддерживает видеокарты. Проблемы со скоростью майнинга были через видеодрайвер 13,4. На 12,8 более менее нормально.
Но так никуда и не исчез глюк с остановкой майнинга с ошибкой:

 [2013-05-21 21:09:22] Pool 0 communication failure, caching submissions
 [2013-05-21 21:09:53] Pool 0 share became stale while retrying submit, discarding

Решения я не нашел. Единственное что предлагали, так это обновиться до последней версии майнера. Но у меня и так последняя. Временное решение нашлось само собой. Для управления фермой я использую TeamViewer, и если его оставить включенным, даже свернуть на панель задач то все будет работать. Метод проверенный. Если кто знает как избавиться от этой ошибки подскажите пожалуйста.