Si, en general los exchanges descentralizados, como Bisq, tienen el problema de la lentitud en las transacciones, por ejemplo hay que esperar a que el otro lado reciba la transferencia bancaria para finalizar la transacción.
En el caso de intercambio entre alts y BTC, las transacciones son de wallet a wallet, con lo cual también hay que esperar a las confirmaciones, y pagar la tarifa de minería correspondiente.
Todo esto importa muy poco si lo que se pretende es simplemente comprar o vender BTC o alts, pero en cambio resulta un procedimiento inviable para el trading. Sin embargo las cosas están cambiando. Por ejemplo, en el DEX de Bitshares las transacciones se hacen entre MPAs, tokens con el precio vinculado a sus activos "reales", ejemplos serían BitUSD y BitBTC. La operativa en cuanto a fees y rápidez es igual o mejor que en un exchange centralizado, y sin riesgo de terceros.
El único problema no es técnico, es el volumen, pero es la prueba de que la solución está ahí