Никто и нигде не берет % за вывод крипты. Берут фикс. комсу.
Теоретически, это комиссия сети и биржа себе ничего не берет.
Практически, биржа может залепить несколько транз в одну и так немного съэкономить.
Как это сейчас происходит на бирже, не знаю, давно не выводил, но для биткойна опасно ставить комсу менее 0,001 на текущий момент, можешь ждать подтверждение часами и сутками.
Поэтому да, лучше копить сумму покрупнее или выводить не в битке.
Биржа тут не при чем.