Мне не понятно зачем вы хотите приватные ключи от кошельков держать на веб сервере?
Я бы для кошельков завел другой выделенный сервер во внутренней сети. Но и это надо лишь в том случае если вы делаете биржу или обменник, а для простого интернет магазина можно обойтись сторонним API, например с http://blockchain.info/ и через него узнавать о поступлении средств на ваш счет.