Ne vous inquiétez pas, l'équipe de Ledger est tout aussi attentif que vous à ce qu'il va se passer.

Un Ledger détient (que) votre clé privé de manière très sécurisée, le reste ce sont des programmes qu'il suffit d'adapter en fonction des blockchains. Ledger veut avoir toutes les bonnes infos avant de faire quoi que ce soit.
Mais si vos bitcoins sont sur votre nanoS, c'est à dire que vous avez utilisé la clé contenue sur ce device, il n'y a aucun souci à ce faire, vous êtes "compatibles" avec toutes les prochaines forks. Il ne restera qu'à Ledger de créer le soft qui sache "parler" avec la bonne nouvelle blockchain avec votre seule et unique clé.

Les nanoS ne contiennent pas beaucoup d'applications, mais vous pouvez les charger/supprimer sans aucun risque, ça ne touche jamais la clé.