Я установил самую свежую на текущий момент версию (0.8.2), до этого не было ничего, сервер пустой (vps только взял). Есть подозрение что на VPS может быть временные файлы какие-нибудь создаются, но это вряд ли.. Еще есть какие-нибудь мысли на этот счет? bitcoind пишет лог? Если да, то возможно посмотреть в чем проблема.