Тут ситуация по-моему, аналогичная хранению фиатных активов. Либо ты хранишь их под матрасом (читай: в кошельке), но вкладываешься в защиту этого матраса - ставишь дверь бронированную, сигнализацию, посторонним не то, что ключи, но даже адрес свой не сообщаешь и т.д. Либо делегируешь функцию сохранения своих средств третьей организации - банку (в нашем случае читай: бирже), но тогда вкладываешься в оплату этих функций и конечно предварительно во внимательное изучение истории и репутации выбранной организации.
Я, выбрав сразу второй путь, честно говоря так и не нашел такую биржу, на которую можно было положиться без оглядки - летняя история с бтц-е еще сильнее эту паранойю подпитала. И в итоге я лично остановился на вебманевских WMX, благо история и репутация у системы даст фору многим банкам российским, кроме того имею длительный личный опыт безопасного хранения других валют на ВМ-кошельках. WMX-кошелек имеет свой бтц-адрес (т.е. на него можно напрямую получать битки) и позволяет перевести/вывести тоже на любой кошелек. По комиссии они не жадничают, а безопасностью своей давно известны и некоторые даже считают, что перегибают палку в этом вопросе. Раньше был один довольно неудобный момент, связанный с хранением битков в ВМ - 24-48-часовая задержка при выводе средств на бтц-адрес, но пару месяцев назад ребята наконец-то одумались - упразднили и это недоразумение.