Уверен, можно задать через конфиг. Но хочу предложить другой способ, который поможет с любыми программами - символьные ссылки.
Это когда создаётся папка, например, D:\NXT\data, а ссылка на нём кладётся на системный диск C под видом C:\Users\user\AppData\Roaming\NXT.
В итоге всё что клиент пишет в C:\...NXT на самом деле пишется в D:\...data.
Там можно поступать и с другими программами/клиентами блокчейнов (у меня так Parity запущен), без необходимости изучения руководств и конфигов.
Единственное, нужно один раз разобраться как их создавать (Far, Total, mklink и т. д.) - запрос в гугле "символьные ссылки windows" даст инфу.