Зависит от настроек пула. Нужно разделять комиссии сети (от нуля) и комиссии пула.
Скажу больше, комиссию за вывод ваших средств тоже берет себе пул, а вы эту транзакцию своими майнерами обрабатываете. Пул может отправить вам вашу выплату транзакцией без комиссии. Пройдет время, приоритет транзакции возрастет и вы своими майнерами добавите ее в блок бесплатно. А может отправить с комиссией, все равно ее Вы оплатите ему же. Но пул получает деньги не просто так. Сюда входит и стоимость оборудования, администрация, несколько уровней поддержки, выплаты вперед блока. Решение - p2pool.