Bin leider kein Profi was  Masternodes angeht, aber soweit ich das verstanden habe bleiben die Coins in deinem Wallet und die Transaktion zur Masternode garantiert nur das die Coins nicht bewegt werden. Auf jeden Fall kann man sie nicht mit dem privat key der Masternode transferieren.
Falls ich mich hier irre, würde ich mich freuen wenn jemand das mal richitg erklärt.
Zu den eigentlichen Sicherheitsbedenken ...
Ein VPS unter Linux zu hacken ist nicht so einfach, bzw unter linux technisch so nicht unbedingt vor gesehen.
Das VPS vermittelt dir eine feste IP Adresse, das heißt sei ändert sich nicht.
Bei deinem normalen DSL Anschluss bekommst du in der Regel eine dynamische Adresse zu gewiesen.
Eine feste IP Adresse ist nicht unsichere als eine dynamische, dein Rechner ist nur einfacher wieder !! zu finden.
Um beim ersten mal gefunden zu werden spiel es nicht so die Rolle ob dynamisch oder statisch.
Zischen deinem Windows PC und dem Internet steht in der Regel ein Router/DSL-modem.
Mit diesem Router surfst du meist eh unter Linux ohne es zu merken.
Jede IP Adresse hat ca 65 000 Ports / Türen. Von hause aus sollten alle Türen verschlossen sein, jeder Dienst öffnet jedoch seine eigene Tür.
Wenn unter Linux nur die Türen aufmachst die du für deine Masternode brauchst, dann sollte müsste der Dienst der Masternode eine Sicherheitslücke haben um dort ein zu brechen.
Alles sehr kompliziert, nicht so einfach und man muss dich erst mal finden.
Und wenn ich das richtig Verstanden habe kann man die Coins von der Masternode eh nicht klauen.
Mehr sorgen würde ich mir da um den Windows Rechner machen.
Der ist zwar hinter dem Router erstmal ganz gut gegen ungebetene Gäste gewappnet, aber ....
mit jedem Klick auf einer Webseite öffnest du mindestens 1 Tür, bzw. lädst evtl. Potentielle Schadsoftware ein.
Jedes Programm was du startest kann ohne dein Wissen Türen öffnen und Gäste, herein bitten.
Falls Du wirklich mal viele Coins hast würde ich über ein eigenes System nachdenken auf dem wirklich nur das Wallet liegt und außer Updates gar nichts mit gemacht wird.
Ich würde die Open-Source Software empfehlen, die ist meistens kostenlos, du hast die Möglichkeit zu wissen und zu kontrollieren was die Programme wirklich machen und alles in allem funktionieren sie besser und einfacher als ihr Ruf.