Se ho capito bene hai inviato i btc da bitcoin core (prima che finisse di fare la sincronizzazione delle blockchain) e ora non li vedi più in bitcore ma non li vedi neanche sul portafoglio che li doveva ricevere correggimi se sbaglio.
Se è così allora devi inanzi tutto salvare il wallet.dat di core in modo da metterti al sicuro se ci fossero problemi, poi devi riuscire a finire la sincro di core se non sbaglio un tempo c'era un torrent con tutta la chain da scaricare (per velocizzare il tutto) prova a cercarlo.