私も一般的には94条による課税かと思いますね。
根拠と考察は以下の通り。
環境権侵害に対する補償金名義で支払われた金員について争われた大阪地判昭和 54 年 5 月 31 日判時 945 号 86 頁(大阪高判昭和 55 年 2 月 29 日税
資 110 号 502 頁、最 1 小判昭和 56 年 4 月 23 日税資 117 号 217 頁)は、
「所得税法九条一項二一号、同法施行令三〇条が損害賠償金、見舞金及びこれらに類するものを非課税としたわけは、これらの金員が受領者の心身、財産に受けた損害を補填する性格のものであって、原則的には受領者である納税者に利益をもたらさないからである」としている。
この判断に鑑みるに取得価額単価が88.549円よりも下の価額で購入した者に関し、所得税法施行令30条による措置を行うとすると、本来課税すべき部分が消滅するため、その消滅部分を利益とみなすことができます。これは所得税法施行令30条の意に反すものと考えられます。
従って、本来納税者の負担すべき課税負担に近い94条による課税になるでしょう。
以上が私の考えですが、仮想通貨は現金による補償?はその性格に合わない気がします。
本来的な「補償」という観点から考えればNEM自体が返還されるべきですが、現実的にはそれは難しいため、止む無しな感じですかね。

今後の世間の反応が気になります。
おお判例が速いw
僕からはざっくり問題提起しただけでしたが、見舞金で差益を出す人がいる=納税者に利益をもたらしうるという現状では妥当な判断のような気がします。
hakkaさんの言うとおり現物で返してもらえれば一番なんだから、取引所側で現金による補填か上限付きでも失った通貨による補填かぐらい選べるようにしてほしいですね。もちろん失った通貨による補填であれば課税されるべきではない。
同じ通貨による補填がダメなら取引所はそれ以外の他の通貨による補填ぐらい対応して欲しいところです。そして欲を言えばその場合は収用控除のように課税の繰り延べを認める立法も欲しいですね。つまり失った通貨の取得価額を補填された通貨の取得価額に付け替えるので少なくとも強制利確は回避できる。
納税者側は失った仮想通貨に対して補填されることを強制されて拒めないことへの救済として
みたいな立法根拠でw
本件について他にも解釈があると思う人はぜひ意見をください。