нет, в гуимайнере можно создавать несколько генераторов, и там все те же настройки выбираются для каждой карты, хотя и в разных окнах думаю пойдет, да и разгон может быть разным. почему нет? он воспринимает разные видиокарты как 2 отдельных устройства и ими управлять можно как разными устройствами ну например скорость вращения куллеров и т.д.
Видеокарты у меня разогнаны штатной AMD Vision, и цифры разгона разные, если я вставлю 2 видюхи в один системник, то как их разгонять по отдельности.