Если вас не пугает трата монет клиентов одного проекта клиентами другого (но балансы корректно считаться будут), то добавьте к имени аккаунто номер/идентификатор проекта, например так email@site.com|projectB (а старый проект пусть останется на просто email) и все.

Конечно, можно запустить на одной машине несколько демонов bitcoind (настроив для каждого свою папку datadir и порты подключения к сети и rpc) но каждый будет кушать место на диске.

Либо проще (если вам подойдет такой неудобный по скорости вариант), создайте для каждого проекта свой wallet.dat и перезапускайте bitcoind перед использованием каждого.

p.s. bitcoind для таких задач не подходит, можно посмотреть на проект electrum (в т.ч. свой сервер на базе патчей к bitcoind), работу с кошельком можно вести, подключив библиотеку на python, либо запуская консольный клиент с соответствующими ключами-командами.