Пользовался такой прогой, RoboForm и LastPass. В 2х последних есть также заполнители форм - удобно когда где-то регистрируешься, данные уже из шаблона сами заполняют.
Можно и в текстовый документ. А вот бумага для меня не вариант - не скопируешь, не сбэкапишь, да и пароли генерирую от 8 символов в разных регистрах с цифрами и т.п. Вручную с бумаги такой пароль часто вводить замучишься