Все из перечисленного может быть причиной ситуации, в которую Вы попали. И это еще не весь список возможных причин.
Навскидку, исходя из комментариев к адресу и в этой теме, наиболее вероятный виновник - вирус (попавший на компьютер через некое расширение или утилиту).


Вы сами все прекрасно знаете.
Ну, а если не знаете - прочтите для начала эти темы:
Угон аккаунтов bitcointalk и меры предосторожности
Сетевая безопасность для новичков
Новичок, а хочешь легко потерять крипту?
Tutorial: How to keep your Bitcoins 100% secure!


Потерять награбленное накопленное во второй раз сулит гораздо больше проблем.


Текстовый документ с паролями (раз уж Вы храните их в текстовом документе) должен храниться на какой-нибудь зашифрованной флешке - а еще лучше на устройстве, которое в принципе не подключается ни к Сети, ни к другим машинам. Если Вы храните его у третьих лиц (в облаках - это как раз у третьих лиц), Вы уже стреляете себе в ногу наносите удар по своей безопасности.


Слабо представляю себе сбой жесткого диска, который прицельно удалил папку и прошел без последствий для самого жесткого диска.


Антивирус вполне себе актуален - особенно если вы рядовой пользователь, плохо знакомый с сетевой безопасностью. Но это не какой-то бог секьюрити и не панацея от всего на свете.


Если основная брешь в защите расположена в районе теменной доли прокладки между клавой и креслом пользователя, никакое форматирование не спасет: свежеотформатированный диск будет снова загажен вирусами, проникшими на машину через бэкдор в левой сборке WinXP, скаченной с сайта allviruseshere.net бесплатно, без рекламы и смс.


Clonezilla в помощь. Хотя в виндоусе можно обойтись и архивированием.