Voto a favor de soldarlos directamente a la placa  . Aunque si los conectores hembra del molex te encajan bien es buena opción tambien.

Volviendo al tema de la alimentacion desde la fuente : claro, yo hablo todo desde la teoria ,segun las especificaciones de cables y amperaje que soportan si utilizas tramos muy cortos.
En la práctica la cosa cambia, y andar utilizando conectores intermedios lo empeora mas. Si tienes una fuente modular , la única opcion , a menos que la habras y sueldes directamente cables de buena seccion a la placa , pues es sacar 2 salidas y juntarlas hacia el conector del Blade.  
Si tienes una fuente no modular puedes deshacerte de todos los conectores y llevar tantos cables de +12V y de GND como quieras hacia el conector de alimentación del Blade.

Hombre, para no tener que andar tocando cables y estar mas trankilo siempre puedes pillar uno de estos : http://www.lamptron.com/product/controllers/fc5-v2/ .
Puedes controlar los ventis del Blade y lleva 4 sondas de temperatura que las puedes colocar donde quieras y te lo visualiza todo en el display.