Моя теория:
вызов этого файла прописан в /etc/init.d/cgminer. Или был прописан. Ты его оттуда убрал. После очередной перезагрузки флеха решила посбоить чуток, при загрузке запустилась проверка ФС, нашла старый кусок файла и восстановила поверх утраченного нового. Или целиком файл восстановила. Или что-то в этом духе.