Для Clion понадобится CMakeLists.txt. Создать его в bitcoin/, потом нажать синюю кнопку Reload сверху справа.
Тогда появится выбор Target bitcoind/bitcoin-qt и можно будет сделать Run/Debug
CMakeLists.txtcmake_minimum_required(VERSION 2.8.4)
project(bitcoin-core)
set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++11")
add_custom_target(bitcoin-qt-b COMMAND make -C ${bitcoin-core_SOURCE_DIR}/src/qt
CLION_EXE_DIR=${PROJECT_BINARY_DIR} bitcoin-qt)
add_custom_target(bitcoind COMMAND make -C ${bitcoin-core_SOURCE_DIR}/src
CLION_EXE_DIR=${PROJECT_BINARY_DIR} bitcoind)