Я думаю что нужно их хранить на отдельном компьютере, чтобы это было безопаснее и никто его не мог взломать.
Да там даже не отдельном компе, можно просто на носителе, но только единственное что нужно сделать, это зашифровать носитель
А если отдельно лежит - то только от воров. Но вообще, кончено, шифрование решает только проблему хранения, а для использования по-любому надо расшифровывать, вот тут и может случиться неприятность