Cierto es, todo eso se paga en euros, pero eso no quita todo lo demás. Puedes "facturar" exclusivamente en bitcoins, o en conjunto con euros, y cada mes pasar a euros tus bitcoins obtenidos. Sólo cuando hagas la declaración anual del IRPF es donde debes indicar los ingresos por la venta de tus bitcoins, de lo que hacienda se lleva entre un 21 y un 27%.
Yo por ejemplo sólo facturo en bitcoins, no estoy obligado a darme de alta como autónomo porque la empresa tendrá sede en Londres, y alli el Admin no está obligado a darse de alta en este régimen. A parte, si no facturo más de 71.000 libras (~85.000,00 euros) en todo el ejercicio fiscal, no estoy obligado a pagar el Impuesto de Sociedades ni el IVA. Cada mes transfiero X bitcoins a un exchange de confianza que me transfiere a mi cuenta el valor en euros. Y en Marzo/Abril, presento mi declaración de la Renta y pago entre el 21 y 27% de los ingresos obtenidos por los bitcoins.