Вопрос решён перезаливкой базы из свежего архива, с последующей докачкой блоков.
Свежий архив брал здесь: http://parovoz-prizm.sytes.net/tech/

Если будете устанавливать свежую ноду проще сразу залить этот архив, и докачать последние блоки, чтобы не качать все блоки с самого начала.