Я попробовал тупо скомпилировать исходники стандартного bitcoind, взятые с GitHub (и заточенные под версию 4.8 формата базы).
Какую версию биткоина собирали, из какой ветки и т.д.? Блоки хранятся в LevelDB, а не в BDB. Поэтому если сбрасываются блоки, то BDB скорее всего не при чем.
Исходники не "заточены" ни под какую версию BDB. Они прекрасно собираются и работают и с 4.8, и с 5.1. По крайней мере так было до недавнего времени, последние релизы не проверял.
Не могу понять, что мне делать-то теперь?
Читать лог. Лежит тут ~/.bitcoin/debug.log