Это связано со сроками вывода долларов (как вариант, рублей) с бирж. Я сам ими не пользуюсь, но, насколько мне известно, вывод долларов, например, с mtgox может занять месяц, поэтому, условно говоря, доллар там стоит дешевле (соответственно, курс биткоина будет выше), чем на других биржах, где вывод осуществляется оперативнее...