По программной части с большой долей вероятности придётся с бубном танцевать, чтобы все карты нормально встали. Ну и по мере эксплуатации если по какой-то причине их придется местами переставлять также можно потратить много времени и нервов, чтобы все нормально заработало.
По аппаратной - любой косяк с картой, питанием, райзером и т.п. и встаёт весь риг. С большим количеством карт запаришься искать проблему.
Оптимально 4-5 карт на риг, это значительно сэкономит время и нервы, пусть даже и немного переплатишь.