Quais blocos são excluídos nessa poda? todos os mais antigos? ou apenas blocos órfãos, etc?
Os mais antigos.
A configuração é
prune=N em que N é igual ao tamanho máximo (em MiB) que você quer guardar de blocos. Por exemplo, prune=5000 excluiria todos os blocos (dos mais antigos para os mais novos) até ter um máximo de 5gb em blocos (você sempre vai ter só o equivalente a 5gb de blocos). E sim, o que o @wilwxk é verdade. Mesmo assim você ainda tem que baixar a blockchain por inteiro antes de começar a "prunar". Se você souber inglês, leia o post que eu linkei acima.