Если списалась комиссия,то это значит,что протокол атомарного свопа уже запущен.Другими словами твой ордер выставился и начал исполняться.А если процесс пошел,то он не должен отображаться в книге ордеров.За ходом выполнения свопа можно следить в левом нижнем углу.

По идее через 3-5 минут сделка должна завершиться.До конца обмена BarterDEX закрывать нельзя.Может у тебя по этому ни чего не выходит?