cgminer.exe nin kısayolunu (shortcut) bir dizine atın örneğin masaüstü, akabinde startup a koymuş olduğunuz .bat dosyasında direk cgminer.exe yerine masaüstüne koymuş olduğunuz .lnk uzantılı kısa yolu gösterirseniz, sorununuz çözülecektir 

CGminer'ı da ek özellikler ile başlatmak yerine cgminer.conf dosyasını düzenlemenizi tavsiye ederim.