Можно ли запускать второй экземпляр программы в бесплатной версии со вторым комплектом API ключей?
Нет. Запускать сколько угодно можно только PRO ботов, причем как с одними, так и разными API ключами.
А Free версия бота существует не для заработка, а для ознакомления с работой бота... поэтому ее хватит и одной.
Ведь на одном бесплатном боте можно попробовать почти все его возможности!
Например, сидишь 8 часов торгуешь руками, на остальные 16 часов включаешь шоты/дропсы.
Этого достаточно для знакомства с ботом, чтобы потом принять решение нужна ли вам PRO версия или нет.